Haliç kıyısında, Balat köprübaşı mevkiinde, iskele arkasında, doğuda Balat iskele caddesi ile Mürsel paşa caddesi arasında yer almaktadır. Kilisenin tarihi 14. yüzyıla kadar uzanmaktadır. Kilise 1583 tarihli Trypon Listesi'nde yer alır. Kilisenin 1640 yılında yandığı, 1686 yılında ise Rus büyükelçisinin yardımı ile yaniden inşa edildiği bilinmektedir. Kilise yaklaşık üç yüz yıldan beri Sina Dağı'ndaki Hagia Aikaterine manastırı'nın metokhionudur.

Batıda, kuzey nef hizasındaki girişin üstünde, taştan, enlemesine dikdörtgen kitabe yer alır. Bu kitabe çökertme tekniğinde, yedi satır ve Yunancadır.

Balatkapı İoannes Prodromos Metokhion kilisesi bazikal tiptedir. Üç neftli naos, doğusunda nefler hizasında içte yarım yuvarlak üç apsis ile sınırlıdır. Örtü sistemi ahşaptır. Apsislerin örtüsü içte yarım kubbedir. Kilisede bulunan motifler sedef kakma bitkisel bezeli olup tasvirlerde kullanılan malzeme yağlıboyadır.